1990-е годы. Будущий учитель Онидзука в то время был ещё дерзким старшеклассником, который вместе со своими приятелями-гопниками постоянно попадал в различные неприятности. Однако больше всего их привлекали, конечно же, девушки.
Фильм "Ниндзя 3" рассказывает о том, как Ишикава, чудом избежавший гибели, вместе со своим старым другом и вором Инухачи продолжает попытки дестабилизировать политическую ситуацию в стране. На этот раз они решают похитить малолетнего наследника Тойотоми Хидейоши.
Генерал Ода Нобунага, опасаясь за свою жизнь, решает уничтожить всех ниндзя-убийц в округе. В ходе своей кампании он атакует лесной дом Ишикавы. Ишикаве удаётся спастись вместе с женой, но их сын погибает в огне. В поисках убежища Ишикава находит приют в клане Сайга. Желая отомстить Нобунаге, он начинает обучать воинов клана искусству ниндзюцу.
Фильм "Ниндзя" рассказывает историю о ниндзя по имени Исикава Гоэмон, который борется за выживание в разгар междоусобных войн в Японии. В условиях постоянной опасности и политических интриг, Гоэмон использует свои навыки и хитрость, чтобы выжить и защитить тех, кто ему дорог.
Во всей стране в течение 24 часов погибают люди, посмотревшие проклятое видео с Садако. Аяка, аспирантка с феноменально высоким IQ, начинает расследовать эти таинственные смерти. Ей нужно торопиться, ведь её младшая сестра уже посмотрела страшный ролик.
Фильм "Ниндзя 4" рассказывает о событиях, происходящих в Японии в 1600 году. После ключевой победы при Секигахаре, Токугава становится фактическим единоличным правителем страны. Чтобы окончательно уничтожить клан покойного Тойотоми, он начинает осаду мощной крепости Осака, где нашли убежище вдова и сын Хидейоши Тойотоми.
Фильм "Ниндзя 5" рассказывает о том, как генерал Юкимура сумел сбежать из осаждённой крепости Осака, что приводит Иясу Токугава в ярость. Он объявляет большую награду за голову беглеца. Вскоре сообщают о нахождении лодки с тремя беглецами из города. Ниндзя Иясу получают приказ дождаться наступления темноты, чтобы атаковать лодку.
Фильм "Ниндзя 6" рассказывает историю о том, как перед смертью Сайзу успевает сообщить своей дочери Юри, что она была усыновлена и на самом деле является дочерью мятежного правителя Юкимуры. Сын Сайзу клянется защищать свою сводную сестру-принцессу и впоследствии присоединяется к повстанцам, стремящимся ослабить могущество сегуната Токугава.
Мечты Иясу Токугавы наконец-то сбылись: он и его сын-сёгун Хидетада стали абсолютными правителями Японии. Однако не все готовы принять их власть. Последний оппозиционный клан ниндзя продолжает попытки устранить Иясу в его крепости Санпу.
Молодой ниндзя Коджиро, выслеживая загадочного убийцу, оказывается в городе Кай. Там он случайно встречает человека с оружием, которое подозрительно напоминает то, которым много лет назад убили его отца.
